Un premier détachement rejoint Bougie pour s’embarquer, à la fin d’avril 1962, à destination de la "Côte française des Somalis" (actuelle République de Djibouti). Progressivement, les autres unités vont suivre. Le drapeau arrive sur le territoire le 15 octobre de la même année. Les compagnies débarquent les unes après les autres sur leur nouveau lieu de séjour. N’ayant jamais connu la paix durant ses vingt-deux premières années d’existence, la « 13 » va enfin pouvoir justifier la réputation de bâtisseur qui existe en tout légionnaire.
Elle construit ou améliore des postes déjà existants.
La CCAS s’installe à Gabode,
la 1re compagnie à Oueah,
la 2e à Obock,
la 3e à Ali Sabieh et
la 4e à Holl-Holl.
À cette époque, l’effectif du régiment atteint presque celui d’un gros bataillon. Le 1er octobre 1968, le régiment se dote d’un escadron de reconnaissance. La 1re compagnie lui cède son lieu d’implantation et part s’installer à Dikhil. La 2e compagnie quitte Obock, prend la dénomination de 2e compagnie de travaux (2e CT) et rejoint l’état-major et la CCAS à Gabode, quartier de Djibouti.
Le 25 août 1966 le Président de la République , le Général De Gaulle est en visite sur le territoire. Les unités du régiment en tenue de parade lui rende les honneurs. Des manifestations hostiles s'étant brusquement déclenchées trois sections de la 2e compagnie interviennent en tenue de parade vers 20 et 22 heures. L'affrontement entre les légionnaires et les manifestants est très violent et une dizaine de gradés et légionnaires sont blessés dans l'affrontement sans que l'on puisse déterminer le nombre de victime parmi la population. Le lendemain, à 14 heures, le chef de corps reçoit l'ordre de faire évacuer la place Lagarde occupée par des milliers de manifestants. Les 2e, 3e et 4e compagnies ainsi que deux sections de la CCAS sont désignées. La place est dégagée en quelques minutes au prix de violents affrontements qui feront plusieurs dizaines de victimes du côté des manifestants. La 13 ainsi que le 57e RIAOM installent alors un barrage encerclant la ville et filtrant les entrées et sorties. Le couvre-feu est instauré. Le 20 mars 1967, lendemain d'un référendum sur l'autonomie du territoire, des manifestations sont réprimées par les hommes de la 3e compagnie. La fin de l'année 1967 et l'année 1968 seront encore l'occasion de nombreuses tensions et d'opérations de maintien de l'ordre ainsi que de protection des ressortissants.
En 1976 le régiment et notamment l’escadron de reconnaissance intervient lors de l’affaire de Loyada.
1977 à nos jours
Après l'accession à l'indépendance de la République de Djibouti (1977), la 13e DBLE participe régulièrement à des missions militaires ou humanitaire au profit du territoire ou dans la Corne de l'Afrique.
En 1979, la 4e compagnie est dissoute. Son poste de Holl-Holl est cédé à l’AND (Armée nationale djiboutienne). Le régiment ne conserve alors que la 3e compagnie, la 2e CT, la CCAS, l’escadron et la compagnie tournante du 2e REP (compagnie détachée pour 4 mois), basée à Arta.
Les engagements opérationnels se succèdent. En mai 1991, le régiment assure le contrôle des frontières du pays, lesquelles sont submergées par un afflux massif de réfugiés en provenance d’Éthiopie et recueille, accueille et désarme une division éthiopienne(Opération Godoria). En mars 1992, ce sera l’opération Iskoutir. En décembre 1992, c’est l’opération Oryx, en Somalie, puis quelques mois plus tard, l’opération ONUSOM II, où les légionnaires de la 13 servent pour la première fois de leur histoire sous le casque bleu de l’ONU. En juin 1994, la 3e compagnie est dépêchée au Rwanda dans le cadre de l’opération Turquoise et le régiment participe aussi à l'opération Diapason au Yémen. Cette même année, , en mai, la COMPARA (compagnie parachutiste), stationnée à Arta et armée par le 2e REP est dissoute.
Il convient d’ajouter à toutes ces opérations les aides ponctuelles apportées par le régiment à la jeune République lors des catastrophes naturelles qui la secouent régulièrement. Les légionnaires interviendront ainsi dans le cadre des mesures prises face aux inondations mais aussi face à la sécheresse, pour venir en aide à une population à chaque fois durement touchée. La 2e CT est régulièrement mise à contribution pour effectuer divers travaux et diverses constructions sur le territoire. Les stèles commémoratives de la Légion marquent les efforts d’une section ayant œuvré au profit de la collectivité sur les routes du territoire.
Outre cette dernière spécificité, la 2e CT prendra la dénomination de 2e CAT (compagnie d'appuis et de travaux) en se dotant de deux sections d’appui, l'une composée de 6 mortiers de 120 mm et l'autre de 8 postes de tir Milan.
Cette compagnie est dissoute en 1998 pour laisser place à une compagnie de génie "tournante" armée par des légionnaires du 1er REGpuis du 2e REG.
En 2000, c'est au tour de la 3e compagnie d'infanterie de disparaître, remplacée elle-aussi par une unité "tournante" armée quant à elle alternativement par les unités des 2e REI et 2e REP. Cette dernière unité d'infanterie de la 13 avait pourtant un caractère unique. En effet, à l'instar des compagnies du 2e REP, chacune de ses sections avait une spécialité. La section de commandement disposait d’un groupe de mortiers de 81 mm. La 1re section perfectionnait ses savoir-faire dans le domaine du sabotage et de la manipulation des explosif. La 2e section regroupait les nageurs de reconnaissance qui étaient chargés de missions d’infiltration par voie maritime utilisant le bateau pneumatique ou la palme. La 3e section regroupait les tireurs d’élites du régiment et disposait de Barret et de FRF2. Enfin, la 4e section, disposait de 5 VAB dont deux équipés de canons de 20 m/m.
En 2001, la compagnie de maintenance des FFDj est rattachée à la Demi-brigade.
En 2002, des éléments du régiment sont projetés en République de Côte d'Ivoire dans le cadre de l'opération Licorne.
Après une intervention à caractère humanitaire, où une section du génie est projetée en Indonésie en 2005 (Opération Béryx), pour apporter assistance et aide aux victimes du tsunami, la 13 renoue avec l'opérationnel en mars 2007. L'état major tactique, la compagnie d'infanterie et un détachement du génie sont envoyés d'urgence au nord de la République centrafricaine pour sécuriser et endiguer la propagation de la violence dans la zone des trois frontières (Tchad, RCA, Soudan) à Birao.
En outre, les légionnaires de l'unité sont, depuis le début des années 2000, régulièrement engagés sous forme de DIO (détachements d'instruction opérationnels) au profit de pays voisins (Éthiopie, Ouganda, Émirats arabes unis, Qatar, Koweït, etc.)
27/11/2010 Anonce du départ du Régiment de Djibouti aprés Camerone